Проблема в том что соединение к базе данных устанавливается около секунды.
Пробовал сначала на рабочем компьютере с множеством проектов и баз данных а потом и на свежеустановленном сервере (версия 4.6.5 в обоих случаях) во всех сочетаниях php 5.4.7, Apache (2.4.3, 2.2.23) nginx 1.2.3 (вместе и по отдельности) и Mysql (5.5.27, 5.1.65)
Такой код
$t1= microtime();
mysql_connect('localhost','root','');
$t2 = microtime();
mysql_select_db('test');
$t3 = microtime();
echo $t1.' <br> '.$t2.' <br> '.$t3;
Выдает такую картину на всех конфигурациях - явная задержка в секунду.0.19339100 1349917977
0.20362400 1349917978
0.20415200 1349917978
Запросы же после установки соединения выполняются мгновенно.
С денвером на этом же компьютере таких проблем нет.
Галочка "Защитить сервер от внешнего доступа" не стоит! Все остальные настройки по умолчанию.
Добавлено спустя 5 минут 26 секунд:
Какая-то проблема в php, потому что на 5.2 все нормально, когда 5.3 опять тормозит.