И да, они там внутри могут быть на разных уровнях вложенности.
freelance/КлиентФИО/project1/bla/bla/project_root projects/project_rootИ тому подобное.
Но в настройках program.ini достаточно указать
projects_search_depth = 5 ; глубина поиска
projects_search_path = {root_dir}\home;d:\dev ; список папок для поиска
И все домены будут находиться.