Ещё скажите при этом, что выполняете вы кучу одинаковых запросов в цикле, и перед каждым запросом повторно устанавливаете подключение к MySQL, а не делаете это один раз вначале работы скрипта.
Дополнительный вопрос: а в диспетчере задач на вкладке Производительность на какой компонент производится основная нагрузка при запуске вашего скрипта?