Базы не пропали, просто есть какая то несовместимость между версиями мускулов в новых версиях, или из за ещё чего. Я это заметил при переносе баз с одной версии на другую, простым копированием папки(как и при обновлении) не прокатывает, нужно делать дамп базы, и устанавливать по новой. При этом может понадобится указать другое имя базы данных, так как в новой версии при переносе вызывает ошибку, и только смена имени позволяет без проблем установить.
В данном случае, если старой версии сервера не осталось, можно попробовать сделать дамп базы с помощью MySQL менеджера из поставки сервера, если базы небыли затронуты, ну и повторно их прописать...