Самое больное место во всех программах-синхронизаторах, это блочная синхронизация, которой почти ни у кого нет. Вот есть файл базы данных весом 10 гигабайт. Изменил я строчку в базе данных - на тебе, пошла загрузка файла размером 10 ГИГОВ! на сервер. Вот тебе и синхронизация.
Да. RealSync, которую я упомянул выше, как раз умеет делать инкрементальную синхронизацию, но для этого на сервер необходимо установить, то ли скрипт, то ли программу. Жаль у меня не вышло..