Работа с базами данных

[DelphinPRO]

Можете.
Каталог .osp только один.
Файл .osp/project.ini только один.
Но внутри файла вы можете указывать любое количество доменов (см. пример full-example)

[site1.local]
php_engine        = PHP-8.1
project_dir       = {base_dir}\site1
public_dir        = {base_dir}\site1

[site2.local]
php_engine        = PHP-8.1
project_dir       = {base_dir}\site2
public_dir        = {base_dir}\site2

[site3.local]
php_engine        = PHP-8.2
project_dir       = {base_dir}\site3
public_dir        = {base_dir}\site3

Конечно, для каждого отдельного сайта - отдельная подпапка.
Однако, если необходимо, например, разруливать хосты внутри приложения (например поддомены), то все эти сайты могут указывать на одну и ту же директорию.

[Максим]

Однако, если необходимо, например, разруливать хосты внутри приложения (например поддомены), то все эти сайты могут указывать на одну и ту же директорию.

В этом случае логичнее использовать алиасы.