Замените стандартный файл конфигурации своим файлом. Из командной строки нет смысла запускать, она не запуститься параллельно с другой запущенной базой. А если отключить использование MySQL и запускать из командной строки - тут тоже смысла нет, проще сделать как я и написал: заменить файл конфигурации и пусть OS сам запускает сервер.