Подскажите, какие именно изменения происходят в программе после активации данной опции "Защита сервера от внешнего доступа", именно интересует почему так работоспособность снижается. Что меняется, что редактируется ?
Потому что при включении защиты активируется open_basedir и PHP начинает проверять по тысяче раз realpath при каждом обращении к файловой системе. realpath_cache в таком режиме не работает, соответственно всё это очень и очень медленно. Если диск SSD, а не HDD, и скрипт написан грамотно с минимальным обращением к диску, то разница не должна быть сильно заметной.