1) DNS вы говорите, это нереально, потребуется настройка сетевого соединения (которого у некоторых вообще нет ни одного), если сервер не запущен будут проблемы и т.д. всё это анреал.
2) Никакого конфига в нужных папках не будет. Всё управление доменами и поддоменами теперь будет осуществляться через панель управления в разделе настроек;
3) За такую структуру голосовали пользователи. Сами виноваты

Я решил, что организация доменов по папкам, это ограничение в том или ином виде, как не делай эту структуру папок. Всем не угодишь. Потому в новой версии то, как и какие папки лежат в domains/ учитываться не будет вообще никак. Домены или поддомены будут создаваться и удаляться через таблицу в настройках, как и алиасы, то же самое (указывается имя домена, существующая папка (или будет создана автоматом) и потом нажимается кнопка создать). Удобство этого варианта в том, что root папку домена можно будет указать вообще любую, какую угодно и где угодно (в пределах ./domains/), не будет зависимости от структуры которую можно будет сделать вообще хаотичной. Плюс к этому, теперь и сами алиасы (только источник) будут прописываться в hosts если сам домен создавать нет нужды.