Заметил, что если в корне домена лежат папки:
- web
- docs
Если открыть конкретный файл, то будет показано, что файла не существует.
При удалении этих папок, и перезапуска сервера, всё отлично работает.
P.S. Возможно это не полный список папок, я пока заметил только эти.