Ну я вам тоже могу встречный вопрос задать - а зачем подсовывать программе конфигурационные файлы от старых версий, которые несовместимы? Или может еще хуже - вы поверх старой версии новую чтоль распаковали?
В конфигурационном файле у вас забит номер текущей версии, она видит что есть более новая версия, вот и предлагает ее скачать. В чем проблема?
Т.е. предлагаете с каждой новой версией заново настраивать все? Да я уж лучше потерплю эти окошки. К тому же, если я правильно понял, в 3.5.1 -> 3.5.2 изменился только главный бинарник.
Хотя все равно не пойму, в чем смысл хранить версию в конфиге, если ее можно в самом бинарнике хранить...
Хм, ну копируйте, только не жалуйтесь потом в один прекрасный момент на то, что у вас ничего не запускается. Я постоянно меняю конфиг, причем довольно резко, там от версии к версии бывает всё несовместимо.
А в текущей да, только бинарник, правда там еще папка переименована и руководство в виде CHM.